(一)用作出资的知识产权的合法性问题
知识产权的合法性即用于出资的知识产权权利是否存在瑕疵，出资者用知识产权出资获取股权即可成为公司的股东，换句话说，出资者必须是知识产权合法的所有者，他将该项权利出资具有合乎法律的依据中国酒类知识产权保护现状。知识产权是否合法是知识产权出资的首要条件，如果以不合法的知识产权出资必然导致出资因非法而无效。
(二)用作出资的知识产权的时间性问题
知识产权为了促进科学文化的发展、鼓励智力成果公开，在保护时间上有着期限性。这是一类特殊的社会契约，是以国家姿态出现的社会和知识产权持有人签署的契约。商标权、专利权、著作权均有法定的保护期限，对于限期保护的知识产权，只能在限期内作为出资取得股东权利。
(三)用于出资的知识产权地域性的问题
知识产权的地域性，决定了知识产权的效力仅限于该国范围之内。任何国家对于其他国家的知识产权没有保护的义务，知识产权的权利人若想在其他国家获得保护就应遵循该国法律登记注册或者审查批准。
其次是知识产权资本在公司运作上的风险，主要包括用作出资的知识产权机制不稳定带来的风险和价值评估中的法律风险这两个方面。
(一)用作出资的知识产权机制不稳定带来的风险
当代企业在本质上就是资本的合成体，它的责任财产的真实性以及稳定性决定了它的信用，所以大陆法规定了公司的“资本三原则”，尽管在我国公司法中没有明确地把资本的三个原则写入法条，但却把这种精神贯彻到了公司法中。然而知识产权价值并不稳定，专利技术同新技术的开发及市场的变化有着密切的关系。倘若公司接纳专利技术以及计算机软件的出资，这一专利技术以及计算机软件在保护期限届满之后，知识产权的价值肯定会大幅度地降低直至为零，这个时候就要补充公司的资本，不然就会违背公司资本的维持原则。针对这种情况，企业在接纳知识产权投资的时候，要事先对这种情况进行约定，以免发生不必要的风险。
(二)知识产权价值评估中的法律风险
较之于实物出资，知识产权的价值十分难确定。我国现阶段的立法只是笼统地确定了股东或创始人投资的非货币财产理应由具备评估资格的那些资产评估机构进行评估，合计出价值后通过验资机构来验资。而对怎样评估作价?能否完全由评估机构来评估?亦或是准许当事人自行进行评估等问题没有作出明确的规定。目前我国知识产权的资本化程度普遍较低，在进行审查或核准时，存在评价难度大、效力不确定等问题，并且在时间上难以完全符合知识产权的效力期限要求。
